Варакушка (Luscinia svecica). Фото: Войтех Брлик Иллюстративное фото орнитологических образцов. Изображение: Петр Прохазка
Войтех Брлик с кафедры экологии факультета естественных наук Карлова университета и Института биологии позвоночных Чешской академии наук призывает учёных делиться базовой информацией о биологических образцах (метаданными), чтобы обеспечить их эффективное использование в биологических дисциплинах.
Обращение к научному сообществу. опубликовано в журнале Природаоснован на опыте, полученном в результате координации хранилища метаданных сети AviSample, в котором в настоящее время хранятся метаданные более чем 35 000 образцов почти 500 видов птиц.
Научное сообщество систематически оптимизирует исследовательскую деятельность, и существует ряд инициатив, активно преследующих эту цель. Проект, возглавляемый Брликом, продвигает эти усилия еще дальше: «Наша инициатива демонстрирует, что доступность и отслеживаемость базовой информации об образцах (так называемые метаданные) потенциально могут сделать научные исследования более эффективными, сэкономить финансовые и человеческие ресурсы и диверсифицировать исследовательские группы. на глобальном уровне».
Он добавляет: «Эта инициатива не касается хранения физических образцов или данных. Нас интересует только основная информация о биологических образцах, проще говоря, когда, где и как образцы были собраны и как они сохраняются. эти метаданные недороги, применимы на глобальном уровне и облегчают использование уже собранных образцов, что приносит пользу как владельцам образцов, так и исследователям, которые будут их использовать».
Принцип совместного использования метаданных выборки и повторного использования существующих выборок выгоден во многих отношениях. Централизованная и стандартизированная отчетность метаданных образцов позволяет легко увидеть, какие образцы доступны в настоящее время, не требуя связи с коллегами или дорогостоящего сбора новых образцов.
Таким образом, обмен метаданными может упростить научную деятельность, особенно в менее изученных и труднодоступных областях, одновременно укрепляя ключевое сотрудничество с местными учеными. Аналогичным образом, предоставление выборочных метаданных поможет ученым, чьи исследования сосредоточены на исчезающих видах или крупных пространственных масштабах.
«Первоначальная идея этой инициативы возникла во время моей учебы в аспирантуре, когда я искал образцы перьев, происходящих из большой территории Африки к югу от Сахары. У меня были образцы от нашей исследовательской группы, но мне нужно было расширить набор данных значительно.
«Мы написали коллегам в Швеции и Швейцарии, у которых, как мы подозревали, были подобные образцы из других мест Африки. И, к счастью, оказалось, что они действительно были у них. Хотя в первую очередь они собирали образцы совсем для другой цели, нам удалось охватить огромную часть региона Африки к югу от Сахары благодаря этим совместным усилиям, что было бы невозможно без сотрудничества с коллегами», — говорит Брлик, описывая истоки нынешнего проекта.
В 2022 году Брлик и команда коллег (в частности, Павел Пипек с кафедры экологии факультета естественных наук Карлова университета и Петр Прохазка из Института биологии позвоночных КАН) создали хранилище метаданных AviSample Network. В эту базу данных орнитологи теперь могут вводить метаданные об образцах птиц, т.е. где, когда и как были собраны образцы, от каких видов птиц и как эти образцы хранятся.
В настоящее время база данных включает информацию почти о 500 видах птиц, а также доступны метаданные для более чем 35 000 образцов. В репозитории есть ряд послов, которые занимаются распространением инициативы в своих регионах.
«Одним из примеров перепрофилирования существующих образцов, ставшего возможным благодаря обмену метаданными, является проект B10K. Этот проект направлен на исследование геномов всех 10 000 видов птиц, которые координаторы проекта собирают в основном в музеях.
«Однако для редких видов и видов, встречающихся в недостаточно изученных районах (например, в тропиках), нелегко получить образцы. Обмен метаданными образцов, хранящихся в коллекциях исследователей, позволил использовать существующие образцы, собранные в Африке и Европе, для этого большого масштабный проект», — описывает Брлик.
В переписке, опубликованной в его статье, Брлик на примере сети AviSample показывает, что обмен метаданными облегчает перепрофилирование существующих образцов, хранящихся в коллекциях исследователей, и, таким образом, имеет огромный потенциал.
«Я стремлюсь вывести эту инициативу и изменить восприятие на глобальный уровень и показать, что обмен метаданными образцов может повысить эффективность научной деятельности в различных биологических дисциплинах», — заключает Брлик.
Предоставлено Карловым университетом